Центр этнополитических и региональных исследований (ЦЭПРИ) был создан в 1991 году по инициативе бывшего министра иностранных дел СССР Эдуарда Шеварднадзе в рамках Внешнеполитической ассоциации. С 1993 года - независимая некоммерческая негосударственная научная организация, сотрудничающая с многими российскими и зарубежными исследовательскими центрами, включающая как постоянных исследователей, так и специалистов, привлекаемых для выполнения конкретных работ. Генеральный директор ЦЭПРИ - Эмиль Паин, бывший советник Президента России. C 1999 года - самостоятельное подразделение Фонда ИНДЕМ.